W południowym domu klasztornym urządzono cele zakonne. W nich zakonnicy spędzali czas w samotności i ciszy. W części pomieszczeń założono szpital i aptekę. Oddzielne pomieszczenie przeznaczono na karcer. Do niego trafiali zakonnicy, którzy złamali regułę klasztorną. W XIX wieku w Pożajściu zamieszkali zakonnicy ortodoksyjni. Arkady, otaczające dziedzińce zamurowano, pomieszczenia na piętrze przerobiono na mieszkania. W XX wieku budynki zrekonstruowano.